La publication de Tokyo Ghoul débute le 8 septembre 2011 dans le magazine Weekly Young Jump5. La série est écrite et dessinée par Sui Ishida, et le premier volume relié est publié par Shūeisha le 17 février 20126. Le dernier chapitre paraît le 18 septembre 20147. La série comporte 14 tomes. La version française est éditée par Glénat Manga depuis août 20138. En Amérique du Nord, la série est licenciée par VIZ Media9.
La suite intitulée Tokyo Ghoul:re débute le 16 octobre 2014 dans le même magazine10. L’histoire introduit de nouveaux personnages11. Une annonce importante a été faite le 14 juin 2018 dans le 28e numéro de l’année12, où elle a indiqué que la série se conclurait dans les trois prochains chapitres, dont le dernier est sorti le 5 juillet 2018 dans le 31e numéro du magazine13,14. La série se conclut en 16 tomes.
Une série dérivée intitulée Tokyo Ghoul: Jack (東京喰種トーキョーグール［JACK］, Tōkyō Gūru [Jakku]?), relatant la rencontre des deux inspecteurs Kishô Arima et Taishi Fura alors encore lycéens, soit douze ans avant l’histoire principale, est parue entre août et septembre 2013 dans le magazine de publication numérique Jump Live15. Elle est ensuite commercialisée sous forme de livre électronique le 18 octobre 201316.